Els principals òrgans de Govern del Consorci del Ter són l’Assemblea General i el Consell de Govern. El Consorci s’estructura de la següent manera:
L’Assemblea General la formen els representants de cada una de les poblacions consorciades. És l’encarregada d’aprovar el pressupost del Consorci, té el poder sobre els estatuts i d’ella depèn l’aprovació de qualsevol modificació del funcionament de l’entitat. Se sol celebrar un cop l’any.
El Consell de Govern és un òrgan executiu de caràcter desconcentrat. Es reuneix cada dos mesos. Els actuals membres del Consell de Govern són els següents:
Arnau Rovira i Martínez
Alcalde de Manlleu
President
Èlia Bantí Alabau
Alcaldessa de Jafre
Vicepresidenta primera
Pere Pujolràs Feixas
Regidor de Sant Julià de Ramis
Vicepresident segon
Eva Viñolas Marín
Alcaldessa de Susqueda
Vicepresidenta tercera
Ramon Roqué Riu
Alcalde de Sant Joan de les Abadesses
Vocal
Carmen Lucas Giralt
Regidora de Queralbs
Marçal Ortuño i Jolis
Alcalde de Torelló
Albert Castells i Vilalta
Alcalde de Vic
Xavier Vinyoles i Compta
Alcalde de Bescanó
Mireia Valentí Molina
Regidora de Salt
Sergi Cot Cantalosella
Regidor de Girona
Genís Pigem Olivé
Regidor de Torroella de Montgrí
La Presidència l’ostenta el Sr. Arnau Rovira i Martínez, alcalde de l'Ajuntament de Manlleu, que exerceix la representació institucional del Consorci. Defensa els interessos de l’ens i supervisa totes les activitats i serveis de l’entitat en l’execució del pla anual aprovat per l’Assemblea General.