Es realitzen projectes per a preservar espècies de fauna escassa o amenaçada, com són la creació de refugis per a ratpenats fissurícoles i cavernícoles; el reforç de les poblacions de tortuga d’estany mitjançant alliberaments d’exemplars, el seu posterior seguiment i millora dels seus hàbitats; la creació d’hàbitats per als amfibis i altra fauna aquàtica; la potenciació d’espècies en severa regressió com el turó; la col·locació de caixes-niu per a ocells de boscos de ribera; la protecció de l’hàbitat per a nàiades i crancs de riu, etcètera.
Aquesta és la fauna fluvial amenaçada de la conca del Ter:
Bufo calamita
Galemys pyrenaicus EN PERILL D'EXTINCIÓ
Anguilla anguilla
Barbus meridionalis
Austropotamobius pallipes EN PERILL D'EXTINCIÓ
Gasterosteus gymnurus EN PERILL D'EXTINCIÓ
Rana temporaria
Pelobates cultripes
Coenagrion mercurial
Oxygastra curtisii VULNERABLE
Lutra lutra
Unio elongatulus EN PERILL D'EXTINCIÓ
Myotis daubentonii
Hyla meridionalis
Emys orbicularis EN PERILL D'EXTINCIÓ
Triturus marmoratus
Mustela putorius EN PERILL D'EXTINCIÓ
Alytes obstetricans